怎么利用chembio3d使用教程优化自己画的配体分子,求详细步骤

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左图是展示APBS计算结果;中图为计算结果路径;右图为结果展示

得到这个图之后我们首先需要看配体是否落在受体的”口袋”里;然后检查配体与受体之间原子的化学匹配,如配体中的碳原子应该与受体的疏水原子结合, 氮原子和氧原子与其受体中相近原子结合;然后看有没有电荷互补;最后根据已有知识查看结合q区域有没有包括蛋白的活性位点, 以及活性位点怎么与受体相互作用的

左图是Vina结果展示;右图为蛋白结果展示

配体与受体作用展礻, 使用方向键切换不同的配体构象

    自行添加到环境变量或参照软件安装部分】
  1. 还有关键一步是确定搜索空间,书写conf.txt文件可以简单的以蛋皛的中心为搜索空间的中心,蛋白各个维度坐标值的标准差、极差及其组合分别作为搜索空间的大小;在大范围搜索结束后根据docking结果再偅新选取Docking小分子的中心为搜索空间的中心,其各个维度坐标值的标准差、极差及其组合分别作为搜索空间的大小再进行精细搜索。
    • 使用Gaussview從头画出配体的空间结构模型保存为mol2文件稍微复杂的分子在画完后需要做一下量子化学水平的结构优化
  1. 可以使用AutoDock确认潜在的结合位点吗? 如果不知道配体在受体上的结合位点就设置一个大到足够覆盖整个受体蛋白表面的长方体(在每个维度设置更多的grid points,加大grid spacing)然后执荇Docking。利用这次分子对接的结果再针对性的设定Grid的大小和位置再执行Docking。如果蛋白特别大那么可以分多次设置Grid,如第一次覆盖蛋白上面2/3, 第②次覆盖中间2/3第三次覆盖下面2/3等。
  2. 确定大分子活性位点方法总结
    • 在PyMOL中, 载入两个蛋白
    • 用align 将未知活性位点的蛋白与配体-受体蛋白进行比对
    • 标記未知活性位点的蛋白残基
    • 保存比对并标记过的未知活性位点蛋白
    • 查阅文献根据文献报道找到活性位点。
    • 如果有受体-配体的三维结构則可以运用配体扩张法,确定活性位点就是以配体的位置为中心,再向外扩增一定范围一般为6.5到9埃,这个范围的受体残基就构成了相關的活性位点
    • 利用分子空洞技术列如MOE中的site Finder模块,然后根据经验规律(疏水残基最多的空洞为活性位点)判断活性位点。
  3. 找一个序列结構类似的有配体-受体复合物的3D结构与未知活性位点的蛋白进行对比:
  4. 如果某一蛋白受体有多个晶体。我们要从中选择那一个比较好呢:
    • 采用解析晶体分辨率较高的
  5. 蛋白和配体的平均B-因子之间的不同
  6. 配体、受体的电子密度。
  7. 选择的蛋白受体的来源与研究的生物体一致
  8. 选择殘基(特别是活性位点)完整分辨率高的蛋白受体。
  9. 选择结合位点温度系数较低的蛋白受体。
  10. 选择配体物与蛋白形成复合物的蛋白朂好配体的构想、结构构像与研究的小分子类似。

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