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左图是展示APBS计算结果;中图为计算结果路径;右图为结果展示
得到这个图之后我们首先需要看配体是否落在受体的”口袋”里;然后检查配体与受体之间原子的化学匹配,如配体中的碳原子应该与受体的疏水原子结合, 氮原子和氧原子与其受体中相近原子结合;然后看有没有电荷互补;最后根据已有知识查看结合q区域有没有包括蛋白的活性位点, 以及活性位点怎么与受体相互作用的
左图是Vina结果展示;右图为蛋白结果展示
配体与受体作用展礻, 使用方向键切换不同的配体构象
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