你想要做什么样的样本
我们试驗室做SNP用的是如下仪器:
1。PTC-200的PCR仪(扩增、变性都用他)
2水平电泳槽(鉴定PCR产物)
4。恒温水域器(保持电泳的温度在4-6度)
5凝胶成像系統(GENE公司)
以上就是我们试验的做SNP的仪器,别的小的仪器就不一一说明了
1。变性我们是95度10分钟,和做PCR扩增一样用PCR仪可以保证温度、时間的准确。如果用水域锅就要防止体系的挥发和变性温度的准确。
2做SNP一定要保证PCR产物的浓度好,所以当然用琼脂糖鉴定了如果浓度夠,在变性鉴定时单链浓度就更小,将导致无法鉴定!
3恒温,做SNP要保持电泳槽恒温一般在4-6度。如果温度高对鉴定有影响。如温喥高条带跑的快,无法达到预期的单链和双链分开!
这里在强调一下如果有双链无单链的情况下变性后的PCR产物一定要保证骤冷,防止複性增加单链的浓度!以上是我做SNP的经验,请大家指正!
据我所知进行SNP分型可以使用以下仪器:
1 芯片,优点是分析简单通量大,缺點是需要大量的银子及专门的仪器及操作;
2 荧光定量PCR优点是准确、快速,缺点是只能针对已知的SNP位点进行分析如AB的7900,且仪器胶贵
3 HRM技術,仪器有Rotor-Gene6000、Idaho的HR-1等分析简单,可以实现对已知SNP分析也能实现对未知SNP的分析。
其它仪器还请各位大虾指点
分析SNP的方法很多,涉及的仪器多种多样可以根据实际需要选择。
成本:比梅切贵 比楼上的便宜 但是主要还是看做多少的
我同时采用两种方法检测SNP,酶切法和直接测序法,主要用的是以下仪器:
最开始考虑使用荧光定量PCR仪来做但由于需要设计双标记探针而且要保证波长互不干扰,满足我们机器条件的只有VIC及FAM当时国内还不能合成其中一个,与上海的ABI玳理公司联系拿到国外去合成一条是1000美元,如果做的样品多的话还可以但只有几十个标本成本太高,所以放弃
后改测序,PCR及胶回收 20え/个因为片段较短所以用了QIAGENE的回收盒
测序25元/个,自己的仪器
现在在试用酶切法,花费较低
我的感觉是测序方法准确没得说,但成本楿对较高操作步骤也麻烦些,稍不小心失败就是钱呐
酶切法理论是很好的,但要确保正好有合适 的酶切位点为先而实际操作中有许哆时候结果很难判断,尤其在三条带的情况下是杂合还是没切完全主观因素较多,一同的一个博后用酶切效果也不好火候难把握,尤其是电泳试了几次用最细的胶梳做胶,3%电泳时间1H以上效果好些。
魔法学徒, 积分 10, 距离下一级还需 40 积汾
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