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一粒金砂（初级）, 积分 0, 距离下一級还需 5 积分 一粒金砂（初级）, 积分 0, 距离下一级还需 5 积分 |
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affy包是R语言的bioconductor系列包的一个就一個功能，读取affymetix的基因表达芯片数据读取数据-CEL格式数据处理成表达矩阵！！！
male的样品，然后找差异基因从GEO数据库我们找到cel文件下载地址昰：
我们是为了讲解affy才下载原始数据的，其实GEO也提供处理好的表达矩阵供下载
下载后压缩到指定目录即可
下载到本地之后就可以用代码读取它了！
读取的过程还是蛮耗时间的也可以选择rma函数而不是mas5函数对表达数据进行normalization
读取之后的表达矩阵如图所示：
理论上，处理得到的数據应该与直接在GEO官网下载的表达量是一样的下载链接都是有规律的！
当然这个affy包支持的芯片数据读取平台是有限的！
其实严格来说，这個芯片数据读取得到的表达矩阵是需要过滤的。
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