不需要你自己重新来写单枪匹馬，刀耕火种不是一个好的办法。

正好我也在做bioinformatics这块儿学了点bioperl，我帮你写了个小脚本用这个工具能很快捷的搞定你的dna序列是怎样的！！

我大致给你说下，具体自己上bioperl网站看How To

现在假定你的dna序列是怎样的都为fasta格式，先用

将所有fastadna序列是怎样的整合到一个fasta格式中

脚本我没囿测试，一些小错误你可以修改下：

学好bioinfo不会perl不行，不会bioperl更不行它不仅可以轻松批量处理dna序列是怎样的格式，解析blast结果甚至在脚本裏做blast，而且还可以操作biosql数据库呵呵 建议深入学习下。