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求翻译：大家好！我叫XXX,我今年14岁了，我的爱好是舞蹈，音乐方面的我都喜欢.我最喜欢的学科是数学和英语，但是我的英语成绩并不好。我以前是短发，现在是长发，我很喜欢现在的生活，虽然生活很忙碌，但是我过得很充实。现在的我比以前更成熟了。会替别人着想了，嗯，我一定会更努力考上我理想的高中。相信自己一定可以的，加油！是什么意思？
大家好！我叫XXX,我今年14岁了，我的爱好是舞蹈，音乐方面的我都喜欢.我最喜欢的学科是数学和英语，但是我的英语成绩并不好。我以前是短发，现在是长发，我很喜欢现在的生活，虽然生活很忙碌，但是我过得很充实。现在的我比以前更成熟了。会替别人着想了，嗯，我一定会更努力考上我理想的高中。相信自己一定可以的，加油！
问题补充：
Hello, everyone! My name is XXX, I am 14 years old, my hobbies are dance, music, I like my favorite subject is math and English, but my English is not good performance. I used to short hair, long hair now, I love life now, though life is very busy, but I had a very full. I now more mature than befor
Hello, everyone! My name is XXX this year, and I am 14 years old, My hobbies are dancing, music, I like the . Is my favorite subjects, mathematics and English Language results but my English is not good. I was formerly the long hair, short hair, and now I am very fond of life now, even though I live
Everybody good! I call XXX, my this year 14 years old, my hobby was the dance, music aspect I all likes. I most like the discipline is mathematics and English, but my English result is not good.I before is the short hair, now is the long hair, I like very much present the life, although lives bustle
Everyone! My name is XXX, I am 14 years old, and my hobbies are dancing, I like the music. my favorite subject is math and English, but my English is not good. I used to be short hair, now is the long hair, I love life, although life is very busy, but I had a full. Now I'm more mature than ever befo
Everyone! My name is XXX, I am 14 years old, and my hobbies are dancing, I like the music. my favorite subject is math and English, but my English is not good. I hair before are now are hair, I enjoy now lives and although life was busy but I have are richer. Now I'm more mature than ever before. Fo
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文网文[号··京公网安备号·甲测资字·文化部监督电子邮箱：wlwh@·
文明办网文明上网举报电话： 举报邮箱：admin1@&&&&&&&&&&&&&&&&基因家族进化分析1 首先要阅读大量的文献，了解背景知识，选择你关心的，与基因家族功能相关的物种。物种选择完之后，可以把这些物种提交到NCBI 的Taxonomy 数据库中，会得到这些物种的进化关系，即物种树。2 然后从NCBI 的refseq 数据库中下载所需物种的DNA 和protein 序列，这时需要用到NCBI 的批量下载工具efetch。#######################################################This code is used for downloadind sequences from NCBI######################################################from Bio import EntrezEntrez.email = &邮箱& # Always tell NCBI who you areout_handle = open(&result.txt&, &w&)search_handle = Entrez.esearch(db=&要搜索的数据库&,term=&关键字 &,usehistory=&y&)search_results = Entrez.read(search_handle)search_handle.close()gi_list = search_results[&IdList&]count = int(search_results[&Count&])webenv = search_results[&WebEnv&]query_key = search_results[&QueryKey&]batch_size = 1for start in range(0,count,batch_size):end = min(count, start+batch_size)print &Going to download record %i to %i& % (start+1, end)fetch_handle = Entrez.efetch(db=&检索的数据库&, rettype=&数据类型&, retmode=&文件类型&,retstart=start, retmax=batch_size,webenv=webenv, query_key=query_key)data = fetch_handle.read()fetch_handle.close()out_handle.write(data)out_handle.close()##################################################################################3 序列处理，因为下载到的DNA 序列其实是mRNA 的序列，并不是编码区序列。所以要对应着protein 序列，在DNA 序列中找到所对应的conding region。###########################################################################This code is used for turning the protein sequences back to DNA sequences#####################################################################4 序列比对，需要注意的是，要以对应密码子的形式进行比对，这里用到的是Prank 软件，默认参数即可。直接用clustalw 比对，不准确。prank -d=Exon.fa -o=序列文件 -codon –Fclustalw2 -INFILE=Exon.fa -OUTPUT=FASTA -OUTFILE= alignment.fa -SEQNOS=ON#####################################################################5 构建进化树，把序列比对的结果输入到做树的软件中，就能得到进化树。可用的软件有mega，phylip，phyml，RAxML，fasttree感觉mega 和RAxML 比较可信，而phylip 要求序列名字在10 个字符以内，不喜欢这个，phyml 同样需要phylip 格式的序列比对文件。Fasttree 的特点是，速度非常快，很适合物种多的时候使用，但是它的缺陷在于，只是近似的最大似然法，感觉准确性不高。FastTree -gtr -nt &_alignment.fa& fasttree.nwk-gtr 是模型，-nt 是DNA 序列，如果是蛋白序列，省略-nt 即可raxmlHPC-MPI -s _prank.fa.1.fas -f a -x 1234 -N 1000 -p 1234 -m GTRGAMMA –n nwk -oOreochromis_niloticus,Danio_rerio-s 是输入，-n 是输出的后缀，-o 是选择的外群，-N 是bootstroop 值phyml -i alignment.phy -d aa -b 1000-i 是输入，-d 是序列类型（aa 是氨基酸的意思），-b 是bootstroop 值6 选择压力检测，用PAML 软件，可选branch model，site model， branch site model。1& Site model：这个模型假设不同的位点可以受到不同的选择压力，而系统树上所有的枝受到的选择压力相同，codeml.ctr 参数设置，model=0，Nsite=0,1,2,3,7,8。模型M0/M3，M1a/M2a，M7/M8 通过两两比较LRT，看差异是否显著，确定是否有正选择事件发生。2& Branch model：模型假设所有位点受到的选择压力相同，不同的枝受到的选择压力可以不同，参数设置为，model=2，Nsite=0。与零假设模型（model=2,Niste=0）通过LRT 比较，看差异是否显著，确定正选择是否发生3& Branch site model：模型假设某一特定分支(foreground)与其他所有分支(background)上的所有位点具有不同的ω值，即该模型假设正选择仅仅发生在特定枝上的少数位点上，参数设置model=2，Nsite=2.零假设模型（fix omega=1）与正选择模型（fixomega=0）通过LRT 进行比较#################################################################biopython for paml################################################################from Bio.Phylo.PAML import codemlcml = codeml.Codeml()cml.alignment = &alignment.fa&cml.tree = &species.nwk&cml.out_file = &out&cml.working_dir = &./&cml.set_options(seqtype=1,verbose=0,noisy=0,RateAncestor=0,model=2,NSsites=[2],CodonFreq=2,cleandata=1,fix_alpha=1,kappa=4.54006)results = cml.run()更多精彩欢迎关注生信人生信人(gh_be8b125d5abc)　
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